Есть ли ограничения на изменения шаблонов писем? Можно ли, например, вместо ID# указать № и так далее?

Ограничений особых нет и да, это возможно.
Для изменения текстов писем необходим открыть правила событий:
Справочники > Правила событий
Найти нужное нам правило и отредактируем его.
Предположим нам необходимо изменить текст письма, которое отправляется пользователю при загрузке заявки из почты.
Найдем такое правило:

А на второй вкладке:

Ну и сам шаблон:

Тут его и можно править. Можно внести свой текст, можно перетаскивать мышкой переменные и добавлять в письмо свои значения. Причем это как с телом письма можно сделать, так и с темой.
Но вопрос то был в другом. А именно: как поменять ID# на
Первое что хотим отметить - не нужно менять ID на простой - это связано с тем, что если вдруг в теме будет он не в контексте номера, а в другом, то будет проблема...
Вместо того, чтобы сделать новую задачу, программа будет пытаться вставить комментарий в уже существующее задание.
Пример плохой темы: "Просьба проверить план закупки №1 на следующий год".
Напомним, что наша конфигурация умеет не только загружать письма и создавать на их основании задания, но и понимать, что это не новое задание, а переписка по существующей задаче.
См. статью Создание заданий на основании электронных писем, которые приходят в службу технической поддержки
(в конце алгоритм определения, что задача по переписке)
Программа найдет № поймет, что это маркер номера в теме письма далее прочтет номер задачи (это первый номер), найдет задание с номером 1, оно существует. Программа поймет, что все звезды сошлись и не будет создавать новое задание (хотя надо было бы), а добавит в задачу №1 в переписку это письмо.
Да, оно не относится, да это не правильно. Но в программе если задать маркер №, то будет именно так.
Поэтому необходим маркер, который не встретится просто так в тексте. По умолчанию, мы предлагаем маркер "ID#". Но вы можете поменять маркер или добавить их несколько.
Это можно сделать в "Настройках параметров учета" (Администрирование > Настройка параметров учета > Service Desk > Макреры > Маркеры номера задания в теме электронных писем при ответе). Там можно изменить маркер ID# и/или добавить свой. По одному маркеру на строке.

 Изменение шаблона оформления электронных писем (e-mail), которые отправляются правилами событий | Описание курса | База знаний