... - Internal Server Error говорит нам о том, что дело в самом web-сервере, а не в 1С. Это первое. Второе. Сама ошибка в купе с 1С скорее всего означает, что Internet Information Services (оно же IIS) в 64-разрядной среде запрещен запуск 32-разрядных приложений. Чтобы успешно выполнить публикацию баз 1С на сервере ...