Проблема с остатками

Номера тут не причем.
У каждого документа своя нумерация.
Обратите внимание на время документов.
Либо воспользуйтесь обработкой для перепроведения всех документов.
Так же откройте карточки документов, которые висят остались на старых местах хранения и посмотрите в каких документах они используются.