Действительно, такое бывает очень часто. Настроили журнал, сделали заполнение, а потом поняли, что какой-то объект или целую группу объектов регистрировать не нужно (занимает место, но данные по этим событиям не используются).
Для удаления событий по этому объекту необходимо открыть ИБ "Хранитель журнала регистрации" перейти в подсистему "Внешний журнал регистрации" > Настройки, закладка "Настройки хранения и обработки", щелкнуть правой кнопкой по нужному объекту и выбрать "Удалить данные".