На скорость переноса данных в первую очередь влияет то, где находятся рабочая информационная база и «Хранитель». Попытайтесь перенести «Хранитель» на тот же сервер, на котором находится информационная база, а также попытайтесь увеличить в настройках подсистемы параметр, отвечающий за количество записей в пакете переносимых данных. Чем он больше, тем быстрее осуществляется перенос, но не стоит устанавливать его слишком большим. На данный момент оптимальный размер 100 записей в пакете.