Конфигурация с хранителем обновляется точно так же, как и любая другая конфигурация от 1С.
 Обновление подсистемы на более новую версию в рабочей информационной базе | Описание курса | Настройка связи подсистемы с конфигурацией «Хранитель журнала регистрации»